พื้นที่รับผิดชอบของสำนักงานสรรพสามิตพื้นที่พะเยา มีทั้งหมด 9 อำเภอ 
โดยแบ่งการรับผิดชอบออกเป็น 2 สาขา ได้แก่

1. สาขาเมืองพะเยา  รับผิดชอบเขตพื้นที่ อ.เมือง อ.แม่ใจ อ.ภูกามยาว อ.ดอกคำใต้ (รวม 4 อำเภอ)

2. สาขาปง  รับผิดชอบเขตพื้นที่ อ.ปง  อ.จุน.  อ.เชียงคำ  อ.เชียงม่วน  อ.ภูซาง (รวม 5 อำเภอ)