สำนักงานสรรพสามิตพื้นที่ฉะเชิงเทรา แบ่งออกเป็น 2 สาขา

1. สำนักงานสรรพสามิตพื้นที่ฉะเชิงเทรา สาขาเมืองฉะเชิงเทรา
ประกอบด้วย อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา อำเภอบางปะกง อำเภอบ้านโพธิ์ อำเภอบางน้ำเปรี้ยว อำเภอคลองเขื่อน
2. สำนักงานสรรพสามิตพื้นที่ฉะเชิงเทรา สาขาพนมสารคาม ประกอบด้วย อำเภอพนมสารคาม อำเภอบางคล้า อำเภอแปลงยาว อำเภอสนามชัยเขต อำเภอท่าตะเกียบ อำเภอราชสาส์น